A capitã da nave Sidonia, que era forçada a agir na defensiva contra os ataques dos Gaunas, finalmente toma a decisão de sair eliminando as criaturas ativamente! E o que mais a incentivou a mudar sua postura de comando foram as repetidas ações heroicas de Nagate, que parece evoluir a cada investida. Porém, tudo indica que o piloto do Tsugumori não é a única razão... Novas pesquisas do cientista Ochiai são reveladas e dentre elas, uma esperança! Será que o plano atual da capitã Kobayashi acabará de vez com essa guerra milenar?